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依史誌記載本園區原為林木蒼翠之地,後因元、明、清歷代煮鹽、代木造船及濫伐,以致風交相為害,終致童山濯濯。

民國三十八年以後,當地軍民積極造林護林,歷年造林種樹包括木麻黃、相思樹、松樹、桉樹等,已達綠化、防風,定砂之目的。 金門之原生植群僅在太武山、五虎山等較不易到達的地區保留,主要由潺槁樹、朴樹、黃蓮木等組成,潺槁樹分布最廣。

金門的植物因受氣候乾燥及人為干擾的影響。低矮的地表植物與灌木在春夏之交,綻放繽紛的花朵,為金門著上瑰麗的彩衣。 園區之植物種類多達820種以上,其中有一部份如潺槁樹、羊角拗、繡球繡線菊等,在台灣並不分佈。因地緣關係,園區植物種類與中國大陸關係較為密切。

常綠灌木。葉互生,堅紙質,橢圓形或長橢圓形。除老枝條外,全株密披紅褐色絹質剛毛。花期3-4月,花數朵排列成頂生繖形花序;花冠猩紅色,漏斗形,最上面的裂片有深紅色斑點,花萼披針形,5裂,雄蕊10枚,柱頭盾狀。蒴果卵圓形,熟時5裂。種子細密多數,花柱及萼片宿存。 唐杜鵑是金門地區唯一的杜鵑花科植物,太武山區有零星族群,分布在花崗片麻岩環境。 在福建植物誌中稱這種植物為「映山紅」,足見它們花開時給人的驚豔。花冠深橘紅色或猩紅色,葉片很小,冬天受冷轉成紅褐色,花芽在二月分化完成,冬芽有覆瓦狀鱗片保護。
半落葉性灌木,又名山相思,嗜陽,大多出現在較向陽的花崗岩坡面,為先鋒型樹種。葉為單葉,互生,條狀披針形,長5-12公分,紙質,全緣,先端漸尖,基部朝著葉柄漸銳尖,葉柄不明顯。花期5-6月,雌雄異株或雜居,花排列成密集而短的圓錐花序,頂生;雄蕊8枚,無花瓣,萼片4枚,子房2-3室。蒴果扁圓,背上具有2-3棱的圓翅,翅膜質,先端及基部內凹,狀似蝴蝶。 7月蒴果已經形成,結果率相當高。初熟的果呈黃綠色,略帶紫色斑紋,成熟種子黑色。車桑子果熟時會有相當多的葉子枯黃,顯見果實累累將耗掉植物本身許多的能量。落葉也是植物代謝的主要方式,藉以排除體內積存的廢物。 8月下旬一場大雨後,又見花開滿樹。岩地植物受到水分制約的影響,在車桑子身上表露無遺。
落葉喬木,2回奇數或偶數羽狀複葉,小葉4-7對,有時為互生,厚紙質,重鋸齒緣。花期9-10月,混合花序頂生;萼片5裂,花瓣5片,鮮黃色,基部呈橘紅色,雄花有雄蕊8枚,花絲上密布柔毛,並有退化子房,雌花有退化雄蕊8枚。果為蒴果,熟時3瓣裂,種子黑色。 台灣欒樹的花朵相當特殊,屬於雜性花,雄花5片花瓣一齊向下反折,反折的地方並呈現出豔麗的色澤,8枚雄蕊波浪狀曲揚,配合花絲上密生的柔毛,以及簇擁的花團,整個姿態顯得精神昂揚。 台灣欒樹為台灣特有種,金門引進栽植為行道樹,山外往鵲山的道路兩旁可見。欒樹的風情萬種,春發嫩芽,夏綠,秋花,冬季果皮紅艷,果熟後黃葉散落,四季變化繁複,極適合作為綠化樹種。花期集中在秋季,當鑾樹開啟一叢叢黃色的花枝,繁華似錦,更增添了秋天的高爽明媚。
常綠灌木。葉互生,厚革質,倒卵形或橢圓形,先端凹頭,葉緣略反卷,有波狀細鋸齒,葉柄短。花單性,雌雄異株,1-2朵腋生,或著生於小枝條下部;萼片5片,花冠黃白色,花瓣5片,雄蕊多數,雌花花瓣卵圓形,花柱頂端3裂,子房球形。果圓球形,漿質,熟時黑色。 凹葉柃木為茶科柃木屬植物,金門地區茶科原生植物僅此一種。種名emarginata意為「微缺的」,指葉的先端凹缺,因此得名。主要生長在花崗片麻岩環境,性耐乾旱貧瘠,那些只有一點點土壤化育的岩縫,都可以生長良好,是金門地區岩生植物的指標物種。它的葉面油亮光滑,葉子厚實,植株姿態挺拔,頗富古意。一些生長在衝風地帶的個體,由於受到環境因子的試煉,更見蒼勁。
落葉灌木或小喬木。葉互生,紙質,網狀脈明顯,橢圓狀倒卵形,葉緣有細鋸齒,新生嫩枝葉上被有灰白色柔毛。花期4-5月,花排列成頂生或腋生的圓錐花序,花序開展;花萼淡綠色5裂,花冠白色5深裂,雄蕊多數,花柱線形,柱頭頭狀,子房下位。核果球形,熟時藍黑色。 四月下旬的太武山上,春雨綿綿的日子裡,山霧攏合,灰木便在迷濛的水霧中悄悄盛開,小巧潔白的花蕾映著濕潤的雨水,透出獨特婉約的美感。新葉柔綠,線條優美,一些花朵也才剛剛綻放,說它秀氣,不是,形容它亮麗,也不然;它是一種秀外慧中的靈郁,很溫柔內斂的氣韻,讓人看了打從心底歡喜。 生長在淺山丘陵及花崗片麻岩環境,結實情形差,分布不普遍。
落葉性小灌木,多分枝,莖皮纖維發達。葉對生,倒卵形或長橢圓形,薄革質,兩面光滑,先端鈍或急尖,葉柄很短,側脈不明顯。花期6-9月,頂生,排列成短而密集的總狀花序;花冠黃綠色,4裂,雄蕊8枚,排列成兩輪,貼生在花冠筒上,花萼筒狀,花柱短,柱頭頭狀。漿果,長橢圓形,熟時紅色,內含一顆種子。 南嶺蕘花隸屬瑞香科蕘花屬,紅豔的果實雖然光潤可口,但種子和葉均有毒。普遍分布全島,喜歡開闊向陽的生育環境。

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