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依史誌記載本園區原為林木蒼翠之地,後因元、明、清歷代煮鹽、代木造船及濫伐,以致風交相為害,終致童山濯濯。

民國三十八年以後,當地軍民積極造林護林,歷年造林種樹包括木麻黃、相思樹、松樹、桉樹等,已達綠化、防風,定砂之目的。 金門之原生植群僅在太武山、五虎山等較不易到達的地區保留,主要由潺槁樹、朴樹、黃蓮木等組成,潺槁樹分布最廣。

金門的植物因受氣候乾燥及人為干擾的影響。低矮的地表植物與灌木在春夏之交,綻放繽紛的花朵,為金門著上瑰麗的彩衣。 園區之植物種類多達820種以上,其中有一部份如潺槁樹、羊角拗、繡球繡線菊等,在台灣並不分佈。因地緣關係,園區植物種類與中國大陸關係較為密切。

常綠灌木。葉互生,堅紙質,橢圓形或長橢圓形。除老枝條外,全株密披紅褐色絹質剛毛。花期3-4月,花數朵排列成頂生繖形花序;花冠猩紅色,漏斗形,最上面的裂片有深紅色斑點,花萼披針形,5裂,雄蕊10枚,柱頭盾狀。蒴果卵圓形,熟時5裂。種子細密多數,花柱及萼片宿存。 唐杜鵑是金門地區唯一的杜鵑花科植物,太武山區有零星族群,分布在花崗片麻岩環境。 在福建植物誌中稱這種植物為「映山紅」,足見它們花開時給人的驚豔。花冠深橘紅色或猩紅色,葉片很小,冬天受冷轉成紅褐色,花芽在二月分化完成,冬芽有覆瓦狀鱗片保護。
金門國家公園 小葉桑
落葉喬木。葉互生,厚紙質,先端尖,葉基心形,葉緣有粗鋸齒或深裂,葉形及大小變化很大。花期2-3月,柔荑花序,雌雄異株;雄花花被4片,雄蕊4枚,雌花花被4片,花柱長2-3mm,柱頭兩裂。聚花果肉質,成熟椹果暗紅色。 小葉桑隸屬於桑科桑屬,這一屬植物金門有兩種,另一種名為桑樹Morus alba L.,也稱為白桑。兩者最大的區別在於小桑葉的葉面較粗糙,桑樹的葉面光滑油亮;另外小桑葉的雌蕊花柱長而明顯,桑樹的花柱短或不明顯;桑樹的聚花果明顯較大,熟時黑紫色。 小桑葉和桑樹都是落葉喬木,到了晚冬都有明顯的落葉現象,葉落前會全部轉成金黃色。早春時,花與新葉齊開。這兩種植物都非常適應金門的氣候,分佈遍及全島。 「先桑後苦」這句閩南語俗諺是說:前院不種桑椹(喻酸),後院不種苦楝(喻苦),一則是生活的忌諱,也用來比喻生命的境況。
常綠灌木,形態直立或匍匐,枝條上有粗壯的長刺。葉互生,革質,長倒卵形或橢圓狀卵形,全緣,先端漸尖或鈍,基部楔形,葉柄長5-15毫米。花期4-5月,花雌雄異株,腋生,排列成球形的頭狀花序;雄花黃色,雌花黃綠色,盛花期時,整個植株開滿花朵,葉綠花黃,團團粉嫩。瘦果被肉質狀的苞片和花被包住,形成聚花果。 果熟時呈橘黃色,味甜、鮮豔多汁,小而扁圓形的種子便夾藏在裡面,當鳥兒啄食熟果時,會將種子吞食或甩開散播,曾見白頭翁結群啄食。 葨芝又名拓樹,為桑科拓樹屬成員,族群小,主要生長在花崗片麻岩環境,多數為直立小灌木,有時叢生伏踞在岩石上,樣子很像攀緣植物。 桑科植物中只有拓樹屬會長刺,還有腋生的頭狀花序、橘色肉質狀的聚花果,都是主要的辨識特徵。
常綠攀緣或匍匐性灌木,全株具有乳汁。葉互生,全緣,橢圓形到卵橢圓形。花期4-8月,隱頭花序,雌雄異株,雄花和蟲癭花生於同一花序托中,雌花生於另一花序托中,蟲癭花雖和雌花類似,但子房被榕小蜂的幼蛹盤據。薜荔的花序托大型,長5-6公分,直徑4公分,略呈梨形,腋生,熟時呈紫黑色,然後脫落。花序托內層有如海綿,質輕中空,這個白色夾層,有特殊椰乳的香甜味道,而紫色花序就滿滿地著生在空室裡。 薜荔常以不定根攀爬在岩壁或樹上,別名風不動。它的葉子有兩型,在沒有花序托的小枝上葉子較小,呈薄革質;有花序托的枝條上葉子較大,呈厚革質,葉脈突起明顯,葉柄及芽尖上有褐色柔毛。 屬名Ficus緣自拉丁語ficus「無花果」種名pumila為「矮小的」意思,指植株形態。
落葉喬木,全株具有乳汁,植株完全落葉後再長新葉,葉芽由粉紅色的苞片包覆,抽芽的時間很受到雨水的影響。葉互生,全緣,厚紙質,長橢圓形或長橢圓卵形。隱頭花序,雌花和雄花長在同一花序托中;花序托熟時淡紫色。 榕果的花序長在肉質的花序托内,稱為隱頭花序。由於雌雄花會在不同時間成熟,而且榕果必須依靠榕小蜂來協助授粉,所以花序托的頂部有一個小孔,好讓榕小蜂出入。事實上,每種榕屬植物的小孔構造都不相同,而這也成為它們篩選授粉小蜂的機制。 榕屬植物和榕小蜂之間的共同演化由來已久,榕果提供子房(稱為蟲癭花)讓雌性榕小蜂(授粉蜂)產卵,繁殖後代,而在榕果中羽化的雌性小蜂會帶著花粉,爬出榕果協助授粉的工作,兩者相輔相成。這種依存共生的微妙關係,展現了大自然細緻奇異的有趣面貌。
常綠喬木,枝葉茂密,氣根發達。葉互生,革質,倒卵形或卵橢圓形,先端微尖,基部楔形,葉柄粗大。隱頭花序,花序托單生或生於葉腋,基部有3枚苞片,雄花和雌花生於同一花序托中;花被3-4片,雄蕊1枚,花柱短。榕果熟時粉紅色。 金門的居民和榕樹有一份特殊的情感,如果要選一種和人民日常生活最切近的樹木,則非榕樹莫屬。榕樹可以說是最受到喜愛的樹木,仍有相當多的老樹被保留下來。緣於榕和榮諧音,加上樹形高大庇蔭,四季常青,因此廣受愛戴,各地風景區、廟宇、祠堂或老宅附近都可以見到參天的大樹公。 種名microcarpa「小果的」,指榕樹的果實很小型。

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